明万历二十七年（1599年）一月，利玛窦曾到苏州小住，自此苏州始闻天主教教义。

清顺治六年（1649年），意籍传教士潘国光和贾谊睦到苏州，在通关坊建造了第一座教堂。康熙三年（1664年），苏州城内有教友500余人，多为仕官缙绅或巨商。常熟有教堂2座，教友1万余人。同治年间，经法籍传教士桑理爵、伊宗尹诸司铎的经营，苏州北街、浒关佘桥、胥门外杨家桥等地先后建有教堂，并在东美巷、临顿路、旧学街和桃花坞街开办教理班。

咸丰三年（1853年），建立苏州传教区。咸丰五年，为江南代牧区7个总铎区之一。同治五年（1866年）后，苏州和常熟传教区二分二合。同治十三年，称苏州总铎区。民国11年（1922年），苏州总铎区属新建的江苏代牧区。1949年，苏州及吴县、常熟、太仓、昆山、吴江等地从上海教区划出，另建苏州教区，下分苏州、常熟、太仓3个总铎区。苏州总铎区由张四维副主教兼任总本堂，辖吴县、吴江、昆山3个县，有5个本堂区；常熟总铎区；由张寿琪任总本堂，辖3个本堂区；太仓总铎区，由徐鸿绅任总本堂，辖3个本堂区。解放初，苏州教区教友约31350人，神职人员34人；1992年教友约50000人，神父8人、修女18人。

苏州教区1949年至1955年为龚品梅主教（兼），1956年至1966年为沈初鸣主教，1981年起为马龙麟主教。2006年4月20日徐宏根神父祝圣为苏州教区正权主教（房兴耀主教祝圣）。