明崇祯十年（1637年），崇明新河镇医生徐启元首先奉教。崇祯十二年，徐邀意籍潘国光神父到崇明传教，在仙鹤镇创建教堂。清康熙十六年（1677年），第一任比籍神父柏应理在大公树建教堂。乾隆五十七年（1792年），姚若翰神父由崇明渡江到海门传教，建立最早的会口。咸丰四年（1854年）四月，伏伯禄神父在海门茅家镇买地建造神父住院及中心学校。郎怀仁在南京任江南宗座代牧时，卜理奥神父在如皋创建教堂。光绪六年（1880年），总铎1人，统管崇明、海门1500名教友。海门有3位神父，并管通州会口。光绪七年至八年，海门、通州脱离崇明，成立海门通州总铎区。光绪十四年至十五年，决定设置通州总铎区，海门各会口保留原有人员，仍属崇明总铎区。5年后，海门、通州重新合并为总铎区，属江南代牧区。民国11年（1922年）以后，属江苏代牧区。

民国14年（1925年）5月，意籍刚恒毅总主教巡视海门教务，民国15年（1926年）8月，罗马教廷宣布成立海门代牧区，朱开敏任宗座代牧。1945年，罗马教廷宣布成立海门教区，朱开敏为正权主教。海门教区成立时，包括崇明、海门、启东、南通、如皋、靖江、泰兴7县。1960年崇明县划归上海教区。1982年，靖江、泰兴2县划归南京教区。海门教区所辖范围包括南通市区和通州、启东、如东、如皋、海安、海门6县，辖海门、南通、启东3个总铎区。解放前教友为39496人。1992年教友约3万人，有神父9名。

海门教区的历任主教有：朱开敏主教，郁成才主教。现任主教沈斌。

目前，教区有主教1人，神父15人，修女18人。开放的主要教堂有：南通青年东路主教座堂（善牧堂）、南通狼山圣母堂、如东兵房若瑟堂、海门耶稣圣心堂、海门三厂圣母堂、海门临江镇天主堂、启东汇龙堂、启东南阳镇保禄堂、启东希士耶稣圣心堂、曹家镇德肋撒堂、新港镇玛弟亚堂、扬州耶稣圣心堂、高邮天主堂、泰州市天主堂等。