为推动宗教传统的慈善模式向现代方式转变，深化宗教慈善参与精准扶贫活动，经南京市民族宗教事务局批准，南京市天主教爱国会与石鼓路天主堂自筹资金200万元，于2015年7月在市民政局注册成立了南京方舟慈善基金会，围绕助学、助残、助老、助困和救灾等项目开展精准帮扶。

助力西北贫困地区和城市贫寒学子成才。与市青联合作，先后向陕西省商洛市农村中小学生捐赠1万只保温杯用于上学期间的饮水使用；向青海省西宁市4所农村中心小学捐赠500套课桌椅。与南京市秦淮区教育局共同发起“助力飞翔”助学项目，每年向辖区内110余位家庭经济困难的高中生发放助学金，在受助者中，已有4位考上了南京大学、中国药科大学等一本院校。基金会还与天主教赤峰教区结对，每年向当地20余位贫困中小学生提供助学金。

关注长者健康和需求。启动“心愿浴室”项目，先后为1000位失能、半失能、贫弱老人提供免费助浴，在社会上引起较大反响。支持养老服务机构营运，帮助无锡若瑟安老院改造消防设施，为南京养老院捐赠专业的洗浴设施。

关爱留守流动儿童成长。与市妇联共同打造“七彩童年”项目，旨在帮助留守儿童提高独立学习生活能力，流动儿童更好融入城市生活，受到家校、街道社区和妇联的欢迎。举办了农村留守和城市流动儿童公益夏令营，邀请奥运冠军担任爱心大使共同参与，帮助孩子们收获了欢乐、增长了知识，树立了爱国意识。

支持残障机构的营运和发展。定期举办“南京市成人心智障碍托养服务及辅助性就业”等培训班，为全市10家残障托养机构的老师进行专业培训。向残障机构捐赠汽车用于残障学员的接送，并为多家残障机构的活动开展提供支持。

建立专项基金。市天主教与基督教共同发起成立了“天露爱心基金”，向遭受特大龙卷风灾的阜宁县一次性捐赠30万元，帮助重建家园。

推广慈善文化。在国家《慈善法》颁布实施之际，由市天主教爱国会、市基督教两会和基督教青年会主办，基金会承办了南京宗教公益慈善发展论坛。全国11个省市和港澳台地区及日本、新加坡、加拿大、德国等的50多家宗教慈善组织120余位代表出席，其中全国天主教13个教区和爱国组织的慈善机构派员参加。中国天主教“一会一团”常务副主席、海门教区沈斌主教，中国天主教爱国会副主席、汕头教区黄炳章主教出席了论坛并讲话。 

基金会成立4年来，累计已向社会捐赠金额超过350万元，使3000余位困难人群直接受益。